2007年にはBCG Pasteur 1173P株のDNA全塩基配列が報告され，あわせて主要なBCG亜株の系統図が提示されたが，2008年にはBCG Tokyo 172株のDNA全塩基配列も日本BCG研究所の関らによって明らかにされた。すべてのBCG亜株では遺伝子DNAのRD1領域が欠損しており，このことが強毒力のMycobacterium bovis, Nocard 株から弱毒化BCGが分化した要因と考えられているが，このRD1の欠損に加えてBCG Pasteur 1173P株では，1926年以降にパスツール研究所から分与を受けた国々のBCG 亜株（例えばデンマークのBCG Danish 1331株など）と同様に，RD2領域も欠損している。一方，BCG Tokyo172株では，1926年以前に分与を受けた国々のBCG亜株（例えばロシアのBCG Russia株など）と同様に，RD2領域は保持されている。このような最近の遺伝子分析の結果もBCG Pasteur 1173P株よりBCG Tokyo 172株のほうがCalmetteのオリジナルBCGに近似していることを示唆している。 結核ワクチンBCG─日本の貢献（PDFファイル）